EKS sistēma nodrošina divus servisus - klīringa servisu, kas veic neto norēķinu un EKS darbadienā nodrošina vairākus klīringa ciklus norēķiniem eiro un zibmaksājumu servisu, kas nodrošina nepārtrauktus maksājumus, izpildot katru banku klientu maksājumu dažu sekunžu laikā, 24 stundas dienā, 7 dienas nedēļā, 365 dienas gadā.
Uzsākot izmantot kāda EKS servisa pakalpojumus, EKS sistēmas dalībnieks kļūst par Zibsaišu reģistra lietotāju.