EKS sistēmas klīringa serviss nodrošina maksājumu pakalpojumu sniedzēja klientiem iespēju darba dienās nosūtīt maksājumu citu maksājumu pakalpojumu sniedzēju klientiem, saņemot naudu dažu stundu laikā (kopējais maksājuma apstrādes laiks atkarīgs gan no sūtītāja, gan saņēmēja maksājumu pakalpojumu sniedzēja iekšējiem procesiem). Klīringa serviss maksājumu pieņemšanu, apstrādi un norēķinu veic klīringa ciklos.
Lai nodrošinātu iespēju nosūtīt un saņemt maksājumus visā SEPA telpā, EKS sistēmas klīringa serviss veic maksājumu apmaiņu ar EBA Clearing STEP2 sistēmu.